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辦公室（黨委辦公室）
主要職能：承擔機關日常運作，承擔文秘，擬訂本單位綜合工作制度、年度工作計劃；組織起草和審核重要文稿；承擔公文處理、會務管理、資訊調研、檔案管理、機要保密、來信來訪、安全工作；政務公開、稅收宣傳、普法宣傳、新聞管理、涉稅輿情管理；督查督辦；辦理人大代表議案、建議和政協委員提案；上海稅務網站區局網頁、微信、微網志等新媒體運作管理；績效管理；黨委文件、會議、督辦等有關日常綜合性事務。
法制科
主要職能：組織實施依法行政工作；督促涉及多部門、多稅種、社會保險費和有關非稅收入綜合性政策文件落實工作；組織實施重大執法決定的法制審核工作；組織協調重大稅務案件審理；行政復議、行政訴訟；公職律師和法律顧問相關管理。落實本單位內部控制工作；稅收執法督察；社會保險費和有關非稅收入法律、法規、規章及規範性文件執行情況的監督檢查；實施稅收執法責任制工作；監督檢查貫徹落實上級重大決策部署情況；協調配合外部監督和上級監督，統籌協調內部監督檢查；“一案雙查”工作。
貨物和勞務稅科
主要職能：組織實施增值稅、消費稅、車輛購置稅等的徵收管理工作，業務問題的解釋和處理；增值稅發票管理，相關資訊系統的推廣應用及管理；指導相關稅種管理、檢查。組織實施進出口稅收的管理工作；進出口稅收具體業務問題的解釋和處理，出口退稅。
企業所得稅科
主要職能：組織實施居民企業所得稅徵收管理工作，企業所得稅具體業務問題的解釋和處理；落實國家（地區）間稅收條約（安排）；跨境稅收管理工作；實施反避稅工作。
個人所得稅科
主要職能：組織實施個人所得稅徵收管理工作；個人所得稅具體業務問題的解釋和處理。
財産行為稅和社會保險費科
主要職能：組織實施房産稅、城鎮土地使用稅、土地增值稅、契稅、城市維護建設稅、印花稅、資源稅、環境保護稅、車船稅、耕地佔用稅等徵收管理工作，相關稅種具體業務問題的解釋和處理；組織實施基本養老保險費、基本醫療保險費、失業保險費、工傷保險費、生育保險費等社會保險費和文化事業建設費、教育費附加、地方教育附加等有關非稅收入徵收管理工作。
收入核算和稅收經濟分析科
主要職能：統籌協調組織收入工作，開展收入分析預測、預警分析和收入品質管理，實施重點稅源監控、企業稅收資料調查工作；組織實施會計統計核算、繳庫退庫、票證管理等工作，實施監督和風險管理。貫徹落實稅收經濟分析管理制度，擬訂具體實施辦法；參與建立並落實稅收經濟分析指標體系；開展動態監控分析；開展國家和地區重大經濟發展戰略實施情況專題分析以及本地區與國外、國內同類型地區的比較分析；組織開展稅收政策效應分析，跟蹤評估減免稅等政策實施效果；統籌推進本單位稅收經濟分析工作。
納稅服務科
主要職能：組織開展納稅繳費服務工作。 組織實施納稅服務制度和規範；落實優化稅收營商環境服務舉措；組織開展面向納稅人、繳費人的宣傳輔導、諮詢服務、辦稅服務、權益保護、信用評價等工作；承擔辦稅服務廳、納稅服務熱線等面向納稅人和繳費人的服務渠道管理；落實涉稅專業服務監管政策及制度，統籌協調社會化納稅服務。&&落實大企業稅收服務和管理工作。
徵收管理科
主要職能：組織落實綜合性稅收徵管法律、法規、規章及規範性文件，擬訂具體操作辦法；稅務登記、納稅申報、普通發票管理等日常徵管核查工作；承擔徵管品質監控評價；組織落實資訊化規劃、方案和制度，實施資訊化建設、考核評價和驗收工作；承擔稅務業務需求管理；承擔資訊化資訊化建設、保障工作；承擔稅收管理資訊系統的運作維護工作；組織實施資訊安全管理。組織轄區內的稅收日常檢查工作，配合做好稽查相關工作。
稅收風險管理局
主要職能：數據管理和風險管理工作；自然人電子稅務局管理；大數據平臺的日常管理與應用；承擔本單位各類稅收數據、社會保險費和有關非稅收入等數據的集中管理、分析應用、風險應對。
財務管理科
主要職能：預決算管理、基建管理、會計核算管理、財務內控管理和政府採購、資産管理；稅務制服換配裝；基本建設項目財務管理工作。代辦工會和黨團經費賬的會計核算工作。
組織人事科
主要職能：幹部人事制度及稅務人才隊伍建設；承擔人事、機構編制、公務員管理、數字人事、幹部考核等工作；承擔工資、人事檔案等工作；承擔本單位科級領導班子及本單位幹部的管理、監督等工作；監督檢查執行幹部人事規章制度情況。教育培訓，領軍人才、專業人才庫管理；老幹部工作。
機關黨委（黨建工作科）
主要職能：協助黨委落實全面從嚴治黨主體責任和黨的政治建設工作責任制；組織實施本單位黨的建設工作；黨員教育、管理、監督和服務工作；承擔黨委理論學習中心組的學習服務工作；黨建研究和黨建宣傳；統籌思想政治工作、意識形態建設、稅務文化建設、精神文明建設和統戰工作；落實基層黨組織和工青婦等群團組織建設；承擔機關和派出機構黨群工作；組織開展巡察工作。
黨委紀檢組
主要職能：負責機關和派出機構黨的紀律檢查工作。
