保障金的繳費方式與國家稅務總局上海市稅務局徵收的其他稅費繳款方式一致。不再採用原來的社會保險繳費專用卡、委託收款繳費方式。
用人單位在電子稅務局申報殘疾人就業保障金的,可選擇三方協議繳稅、銀聯線上繳稅、銀行端查詢繳稅或第三方繳稅。在電子申報客戶端申報的,可選擇三方協議繳稅或銀行端查詢繳稅。