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为鼓励企业加大创新投入，强化基础研究发展，根据财政部、税务总局《关于企业投入基础研究税收优惠政策的公告》精神，结合实际，上海市科学技术委员会会同国家税务总局上海市税务局制定了《上海市企业投入基础研究合同登记操作指引（试行）》。现予以印发，请认真推进落实。
上海市科学技术委员会
国家税务总局上海市税务局
2023年11月29日
上海市企业投入基础研究合同登记操作指引（试行）
第一条（目的依据） 为鼓励企业加大创新投入，支持本市基础研究发展，根据《关于企业投入基础研究税收优惠政策的公告》（财政部 税务总局公告2022年第32号）（以下简称《公告》）文件精神，结合本市实际，制定本操作指引。
第二条（政策范围） 本操作指引适用于企业出资给非营利性科学技术研究开发机构(科学技术研究开发机构简称“科研机构”)、高等学校和政府性自然科学基金用于基础研究的活动。
（一）实施主体：出资方为本市注册的企业，接收方为非营利性科研机构、高等学校和政府性自然科学基金。其中，非营利性科研机构、高等学校包括国家设立的科研机构和高等学校、民办非营利性科研机构和高等学校。具体条件确定须符合《公告》要求。
（二）基础研究是指通过对事物的特性、结构和相互关系进行分析，从而阐述和检验各种假设、原理和定律的活动。具体内容判断须依据《公告》要求。
第三条（税收政策） 出资方和接收方可结合实际享受以下相关政策：
（一）加计扣除。对企业出资给非营利性科研机构、高等学校和政府性自然科学基金用于基础研究的支出，在计算应纳税所得额时可按实际发生额在税前扣除，并可按100%在税前加计扣除。
（二）免征企业所得税。对非营利性科研机构、高等学校接收企业、个人和其他组织机构基础研究资金收入，免征企业所得税。
第四条（责任分工） 上海市科学技术委员会（以下简称市科委）负责基础研究合同认定登记，进行基础研究合同信息确认,委托上海市技术市场管理办公室及相关登记处开展具体相关工作。国家税务总局上海市税务局(以下简称市税务局）按有关规定要求落实税收优惠政策。
第五条（合同文本） 企业出资基础研究应签订相关协议或合同，协议或合同中需明确资金用于基础研究领域。本操作指引附件《基础研究合同（模板）》可供参考使用。
第六条（操作流程1） 接收方注册在本市的，适用以下操作流程。
（一）申报类型为基础研究合同认定登记，同一合同不得重复申请登记。
（二）接收方（合同乙方）注册在本市的，由接收方申请。
（三）采取在线申请登记，申请人可通过法人一证通登录上海政务“一网通办”受理平台（https://zwdt.sh.gov.cn），进入“上海市科学技术委员会”专栏，选择“行政确认-技术合同认定登记-立即办理-新办”“技术开发合同-基础研究类技术开发合同”，并上传合同原件及相关材料的扫描件。
（四）上海市技术市场管理办公室对合同主体与合同内容的合规性、相符性等进行审核，审核通过的出具《上海市技术合同认定登记审核证明（基础研究）》。申请人可在上海政务“一网通办”受理平台自行下载打印。
（五）审核证明自受理之日起7个工作日内出具，如疑难合同需专家评审的，最长不超过20个工作日。
第七条（操作流程2） 接收方注册在外省市的，适用以下操作流程。
（一）申报类型为基础研究合同信息确认，同一合同不得重复申请确认。
（二）出资方(合同甲方)注册在本市、接收方（合同乙方）注册在外省市的，由出资方申请。
（三）采取线下申请方式，由上海技术交易所（52）登记处受理。申请人需提供合同纸质原件及相关材料，经现场形式审查，对符合要求的合同出具材料接收单。
（四）在20个工作日内，对申请人提交的合同文本进行审核，符合要求的，由上海市技术市场管理办公室向申请人出具基础研究合同信息确认证明。
第八条（合同管理） 企业和非营利性科研机构、高等学校和政府性自然科学基金管理单位应将本合同相关资料留存备查，包括企业出资协议、出资合同、相关票据等，出资协议、出资合同和出资票据应包含出资方、接收方、出资用途（注明用于基础研究）、出资金额等信息。
第九条（监督监管） 非营利性科研机构、高等学校和政府性自然科学基金管理单位应做好企业投入基础研究的资金管理，建立健全监督机制，确保资金用于基础研究，提高资金使用效率。
第十条（违规处理） 对虚构、伪造基础研究合同骗取加计扣除、减免税等优惠政策的合同主体，按照相关法律法规予以处理；构成犯罪的，依法移送有关机关处理。对严重违规、违纪、违法犯罪的相关责任主体，按照程序纳入科研失信行为记录。
第十一条（解释条款） 本操作指引由市科委、市税务局负责解释。
第十二条（施行期限） 本操作指引自2024年1月1日起施行，有效期至2025年12月31日。在2022年1月1日至2023年12月31日之间签订的协议或合同参照本操作指引执行。
