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根据《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第57号，以下简称“57号公告”）的有关规定，结合本市实际，提出以下实施意见，一并执行：
一、适用范围
（一）本市跨地区经营汇总纳税总机构（以下简称“本市汇总纳税总机构”）及其所属跨地区分支机构。
本市汇总纳税总机构是指在本市范围以外设立不具有法人资格分支机构的居民企业，不包括其设立在境外的分支机构以及本年度新成立跨地区经营的分支机构。总分机构均在本市的，由总机构汇总缴纳企业所得税。
（二）外省市居民企业总机构在沪设立的分支机构。
二、做好本市汇总纳税总机构企业所得税分摊比例的备案
本市汇总纳税总机构在每年的3月20日前（2013年为3月31日前），按照《本市汇总纳税总机构企业所得税分摊比例备案管理规程》（见附件1）的规定，到主管税务机关办理企业所得税分摊比例备案。主管税务机关应出具《汇总纳税总机构所属分支机构企业所得税分摊比例备案结果通知书》（见附件1），由总机构据此计算当年所属分支机构应分摊的企业所得税额。
本市汇总纳税总机构上年度被认定为小型微利企业的、跨地区设立不具有主体生产经营职能的内部辅助性二级分支机构的，主管税务机关应开具《分支机构不就地预缴企业所得税情况证明》（见附件1）。
本市汇总纳税总机构当年撤销分支机构的，或者由于重组等原因从其他企业取得重组当年之前已存在的跨地区经营二级分支机构的，以及汇总纳税企业内部发生合并、分立、管理层级变更等形式的新设或存续的二级分支机构的，应及时调整其所属跨地区经营分支机构企业所得税分摊比例，并在变更税务登记之日起15日内重新办理企业所得税分摊比例备案。
本市汇总纳税总机构可在上海税务网站（专栏专业/跨地区经营汇总纳税企业所得税专栏）查询相关信息，下载《上海市汇总纳税总机构所属分支机构企业所得税分摊比例计算表（2013版）》并填报。
三、企业所得税预缴和汇算清缴
本市汇总纳税总机构所属外省市二级分支机构按分摊比例在所在地进行企业所得税的预缴和汇算清缴；所属的本市分支机构与其具有主体生产经营职能的部门统一计算，视同一个分支机构按分摊比例在总机构所在地进行企业所得税预缴和汇算清缴。
57号公告第五条第（三）、（五）项规定的不就地分摊缴纳企业所得税的分支机构企业所得税在总机构所在地预缴和汇算清缴。
（一）预缴
本市汇总纳税总机构按季度预缴申报企业所得税；外省市居民企业总机构在沪设立的分支机构，按其总机构主管税务机关核定的预缴期申报预缴企业所得税。
本市汇总纳税总机构根据当期实际利润额，按照57号公告规定的预缴分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税预缴额，分别由总机构和分支机构就地预缴申报。本市汇总纳税总机构除填报《中华人民共和国企业所得税月（季）度预缴纳税申报表》、《中华人民共和国企业所得税汇总纳税分支机构所得税分配表》外，还应填报《上海市汇总纳税总机构企业所得税预缴纳税申报补充表》（见附件2），在完成季度预缴申报后应及时到主管税务机关打印《企业所得税汇总纳税分支机构所得税分配表》，由主管税务机关加盖受理专用章。
外省市居民企业总机构在沪分支机构，按其总机构填报的《中华人民共和国企业所得税汇总纳税分支机构所得税分配表》预缴企业所得税。
（二）汇算清缴
本市总机构自年度终了之日起5个月内，汇总计算企业年度应纳税所得额、应纳所得税额，扣除总机构和分支机构已预缴的所得税额，计算出应缴应退税款。总机构及其主体生产经营职能部门以及所属本市分支机构按分摊比例一律结清应缴应退税款，同时填报《企业所得税汇总纳税分支机构所得税分配表》，经主管税务机关加盖受理专用章后，由其跨地区经营分支机构据此办理税款缴库或退库。
外省市总机构在沪分支机构自年度终了之日起5个月内，按照其总机构填报的《企业所得税汇总纳税分支机构所得税分配表》就地办理税款缴库或退库，一律结清当年应缴应退税款。
四、日常管理
（一）汇总纳税总机构信息管理
各单位每年在受理汇总纳税总机构企业所得税分摊比例备案时，应对汇总纳税企业总机构、分支机构的税务登记信息、备案信息、总机构出具的分支机构有效证明情况、企业所得税年度纳税申报表、汇总纳税总机构所属分支机构企业所得税分摊比例计算表、财务报表等信息进行审核，及时做好征管系统的汇总纳税企业信息维护工作，每季度预缴申报期结束后1个月内上报汇总纳税企业所得税征收管理情况，年度终了后2个月内，上报汇总纳税企业所得税征收管理工作年度总结报告。
外省市总机构在沪分支机构未根据总机构的《汇总纳税企业分支机构所得税分配表》就地预缴申报的，主管税务机关应及时通过税务总局“汇总纳税企业所得税管理系统”发起委托核查，无法实现系统委托核查的，应及时向其总机构所在地主管税务机关发送《关于核查跨地区经营汇总纳税企业情况的函》的书面核查函（见附件3）。
各单位应认真做好税务总局“汇总纳税企业所得税管理系统”的信息维护工作，在收到外省市主管税务机关所得税分配复核意见的20个工作日内完成复核工作并作出回复，同时将复核信息上传“汇总纳税企业所得税管理系统”。
（二）汇总纳税企业查补所得税处理
对按照57号公告第二十七条规定的汇总纳税企业实施的税务检查，涉及本市汇总纳税总机构查补企业所得税并需要分摊的，总机构应按照全部查补所得税额减去属于57号公告第五条第（三）、（五）项情形的分支机构查补所得税额后的余额，再根据查补入库年度的分摊比例分摊总、分机构的查补税额，在规定的时间内办理缴库，总机构还应据此填报《上海市汇总纳税企业分支机构查补企业所得税分配表——总机构填报》（见附件4）。
对分支机构在申报期内不提供《汇总纳税企业分支机构所得税分配表》，主管税务机关应按照《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则的有关规定予以处罚，并将处罚结果以书面形式告知其总机构以及总机构所在地主管税务机关。
属于总机构未向分支机构提供分配表的，分支机构所在地主管税务机关应以书面意见形式提请总机构所在地主管税务机关对总机构按照《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则的有关规定予以处罚。
外省市居民企业总机构在沪分支机构所在地主管税务机关应配合总机构所在地主管税务机关对其主管的二级分支机构实施税务检查，并在收到税务检查通知之日起20个工作日内作出检查结果的书面回复；也可以自行对该二级分支机构的与营业收入、营业成本有关的应纳税所得额和应纳税额查增、查补，并出具税务检查报告及时反馈其总机构所在地主管税务机关。
（三）深入研究跨地区经营企业所得税征收管理
各单位应对辖属的汇总纳税总分机构企业所得税征收管理工作进行深入研究，针对征收管理的特点、难点提出相应的管理措施，市局适时在全市成立专责区和专项研究工作小组，共同研究制定专项管理办法，提高全市汇总纳税企业所得税管理水平。在此基础上，市局将对各单位的跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理制定相应的考核办法。
五、本意见自2013年1月1日起执行，上海市国家税务局、地方税务局《关于印发〈本市汇总纳税总机构企业所得税分摊比例备案管理规程（试行）〉的通知》（沪国税所〔2012〕10号）同时废止。
附件：1.汇总纳税总机构企业所得税分摊比例备案管理规程
2.上海市汇总纳税总机构企业所得税预缴纳税申报补充表
3.关于核查跨地区经营汇总纳税企业情况的函
4.上海市汇总纳税企业分支机构查补企业所得税分配表——总机构填报
上海市国家税务局
上海市地方税务局
二Ｏ一三年二月二十八日
